建档立卡贫困生在大学只拿到了第二批次的钱，

处理方式：
从法律角度看，处理建档立卡贫困生资助发放问题的方式主要有：了解政策、与学校沟通、申请复议或投诉。
选择方式时，应先查阅相关政策文件，明确资助的具体规定。若存在疑问或不满，可与学校资助管理部门进行沟通，了解其解释和处理意见。若沟通无果，可向上级教育主管部门申请复议或向相关部门进行投诉。
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具体操作：
1. **了解政策**：详细查阅国家及学校的资助政策文件，明确建档立卡贫困生的资助标准、发放时间、发放方式等。
2. **与学校沟通**：携带相关政策文件，与学校资助管理部门进行沟通，询问资助发放的具体情况和原因。要求学校提供详细的发放记录和解释。
3. **申请复议**：若学校无法提供合理的解释或处理意见，可向上一级教育主管部门申请复议，提供相关证据和政策依据，要求重新审核和处理。
4. **投诉举报**：若复议无果或认为存在违规行为，可向教育部门、纪检监察机关或相关政府部门进行投诉举报，要求依法查处并维护自身合法权益。在处理过程中，注意保留相关证据和记录，以便在需要时提供证明。
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建档立卡贫困生资助发放需按政策执行，第二批次发放不一定违规。
分析：建档立卡贫困生在大学的资助发放通常遵循国家及学校的资助政策。如果政策规定资助分批次发放，那么只拿到第二批次的钱并不直接表明存在问题。资助的发放可能受到多种因素影响，如资金到位时间、审核流程等。然而，如果政策规定应一次性发放或明确规定了各批次的具体金额和时间，而实际情况与规定不符，则可能存在违规情况。
提醒：若发现资助发放与政策规定明显不符，或长时间未收到应得资助，可能表明问题比较严重，应及时向学校资助管理部门或相关部门反映并寻求解决。